怎么在ncbi上查找某一基因序列及其啟動子

直接在NCBI主頁輸入你要找的基因的名字，比如S1PR1，然后搜索，找到下面的內(nèi)容： Genes 90Gene: collected information about gene loci 1HomoloGene: homologous gene sets for selected organisms 12UniGene: clusters of expressed transcrip

有時在研究某一基因時需要它的基因序列及其啟動子?，F(xiàn)在很多已經(jīng)測序的物種的序列都可以很容易找到。這里以擬南芥某一基因?yàn)槔榻B如何利用NCBI查找這些序列。大家趕緊操作試試吧

材料/工具

電腦NCBI官網(wǎng)

首先選擇Gene的標(biāo)簽，輸入基因名，然后點(diǎn)擊搜索，然后出來一大堆基因，選擇你的那個物種的基因，點(diǎn)擊，進(jìn)去看一下，選擇Mapviewer然后找到序列，選擇基因的外顯子上游2000bp，下載。。。

方法

首先在360搜索輸入可以進(jìn)入NCBI官網(wǎng)，如圖1:

1、在NCBI上查找基因的mRNA序列。 2、Messenger RNA (mRNA）——信使核糖核酸信使核糖核酸 攜帶遺傳信息，在蛋白質(zhì)合成時充當(dāng)模板的RNA。信使RNA 從脫氧核糖核酸（DNA）轉(zhuǎn)錄合成的帶有遺傳信息的一類單鏈核糖核酸（RNA）。它在核糖體上作為蛋白質(zhì)

在搜索框中找到“gene”,并輸入想要查找的基因號，在這里隨便搜一個（at2g11110）,然后“search”；如圖2：

搜索答案 我要提問 在NCBI上怎么查找某個啟動子元件的序列,比如U6啟動子、CMV啟動子、EF-1a啟動子、H1啟動子等等?謝謝首頁 問題 全部問題 經(jīng)濟(jì)金融 企業(yè)

在搜索結(jié)果中，找到如下圖中的“MapViewer”，查看基因在染色體中的位置；如圖3：

首先要了解你所研究物種的啟動子序列特征結(jié)構(gòu)，比如TATA框 富含CG的序列等等。然后在NCBI搜索到該物種該基因的上游DNA序列。最后目測！ 果蠅網(wǎng)上有個基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的啟動子預(yù)測軟件：http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter

下一步的結(jié)果就能夠查看該基因的位置，還有很多其他的信息，且不管它，找到右上角的“Download/View Sequence/Evidence”，進(jìn)去下載所需的序列；如圖4：

一般的來說，在NCBI上查到的基因序列，一般是指的基因的mRNA(cDNA)序列，這個里面，并沒有啟動子、終止子，增強(qiáng)子這類的信息，你需要通過blast等手段，將染色體上的序列找到，然后使用對應(yīng)的軟件進(jìn)行分析，從而得到一個初步數(shù)據(jù)，最終還是需要片

你可以查看到兩種形式的序列：FASTA和GenBank，推薦使用后者，因?yàn)榭梢钥吹綄π蛄械淖⑨?，可以清楚的看到哪是基因，哪是啟動子，哪是CDS等。而前者只是純粹的序列。點(diǎn)擊“display”查看；如圖5：

1、首先輸入基因的完整學(xué)名,找到與基因相關(guān)的cDNA序列.在這一cRNA序列的解說信息里,就已經(jīng)有各外顯子的分節(jié).2、將該cDNA輸入Blast進(jìn)行序列比對,就可以找到其每一個外顯子所對應(yīng)的染色體位置,這些信息就顯示了所有的外顯子.處于外顯子兩端的序列

由下圖可以看出，該基因序列范圍：288..2583，mRNA范圍：(288..355,444..467,653..935,1032..1135,1253..1375, 1641..1803,2052..2583)，CDS范圍：(444..467,653..935,1032..1135,1253..1375,1641..1803, 2052..2188)?；蛑械耐怙@子不是連續(xù)的，因此CDS也不是連續(xù)的；如圖6：

一個基因產(chǎn)生多個轉(zhuǎn)錄本通常是由一種原因或者幾種原因?qū)е拢羁赡艿脑蛴兴姆N： 1. Alternative splicing 選擇性剪接（Alternative splicing）是基因的一種表現(xiàn)方式。生物的基因序列中，包含了內(nèi)含子（intron）與外顯子（exon），兩者交互穿插

CDS上游的序列就是該基因啟動子部分，而具體的啟動子的長度是不一樣的，可以根據(jù)需要進(jìn)行選擇。如果覺得上游的序列不夠長，可以在右上角設(shè)定顯示的堿基的范圍，從而獲得足夠長度的序列；如圖7：

內(nèi)含子邊界并不規(guī)則。 AG-GT型內(nèi)含子的剪接位點(diǎn) (splicing site，ss) 具有明顯的保守序列 發(fā)現(xiàn)的AT-AC型內(nèi)含子是以AT 雙核苷酸起始， AC 雙核苷酸結(jié)束。后來也發(fā)現(xiàn)一部分內(nèi)含子是以GT起始AG結(jié)束的，此外還有極小一小部分內(nèi)含子邊界并不規(guī)則。

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怎么樣分析一段基因序列中的內(nèi)含子，外顯子，啟動子。在ncbi上找到的外顯子后，內(nèi)含子并不符合GT-AT規(guī)則

內(nèi)含子邊界并不規(guī)則。

AG-GT型內(nèi)含子的剪抄接位點(diǎn) (splicing site，ss) 具有明顯的保守序列

發(fā)現(xiàn)的AT-AC型內(nèi)含子是以AT 雙核苷酸起始， AC 雙核苷酸結(jié)束。知后來也發(fā)現(xiàn)一部分內(nèi)含子是以GT起始AG結(jié)束的，此外還有極小一小部分內(nèi)含子邊界并不規(guī)則。道

怎么樣分析一段基因序列中的內(nèi)含子，外顯子，啟動子。在ncbi上找到的外顯子后，內(nèi)含子并不符合GT-AT規(guī)則

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AG-GT型內(nèi)含子的剪接度位點(diǎn) (splicing site，ss) 具有明顯的保守序列

發(fā)現(xiàn)的知AT-AC型內(nèi)含子是以AT 雙核苷酸起始， AC 雙核苷酸結(jié)束。后來也發(fā)現(xiàn)一道部分版內(nèi)含子是以GT起始AG結(jié)束的，此外還有極權(quán)小一小部分內(nèi)含子邊界并不規(guī)則。

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