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go分析和kegg分析區(qū)別相關(guān)問答

go富集和kegg富集區(qū)別
GO分析好比是將基因分門別類放入一個個功能類群的籃子，pathway則是將基因一個個具體放到代謝網(wǎng)絡(luò)中的指定位置。
非模式生物GO、KEGG富集分析
KEGG指的是京都基因與基因組百科全書，通常我們使用KEGG中的pathway模塊，將基因映射到某些通路上，了解基因參與生物體中的代謝過程等。對于模式生物，GO和KEGG富集分析實現(xiàn)起來比較容易，對于非模式生物來說還是需要花點時間和精...
go,kegg,gsea的取舍(一)
go，kegg是富集差異顯著的基因，gsea是富集差異基因，只要參與，P值在0.049也可以參與富集但是go，kegg不可以，只能富集顯著的這樣的話gsea是對go，kegg的一個補充，可以把不是很顯著的基因也做富集分析，從而達(dá)到物盡所...
RNA-Seq(9):使用GSEA做GO/KEGG富集分析
GSEA與GO，KEGG分析區(qū)別：GO，KEGG分析更加依賴差異基因，實則是對一部分基因的分析(忽略差異不顯著的基因)，而GSEA是從全體基因的表達(dá)矩陣中找出具有協(xié)同差異(concordantdifferences)的基因集，故能兼顧差異較小的基因GO，...
一些GO及KEGG分析的知識
類似的，在GO分析中：KEGG通路中對富集的計算也十分類似。因此通過上述一頓操作猛如虎后的，即可得到基因n是否在M/k類中富集（N）的概率（P）。既然P-value針對的是極端情況，那就讓情況更極端一些好了。即從總的...
轉(zhuǎn)錄測序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分別是什么意思
GO的基本描述單元是GOterms。GO主要包括三個分支:生物過程(biologicalprocesses)、分子功能(molecularfunction)和細(xì)胞組成(cellularcomponents)，用于描述基因產(chǎn)物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三種互作關(guān)系。
GO富集分析簡單介紹
通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。本節(jié)視頻教程，就讓我們帶大家學(xué)習(xí)什么是GO、KEGG富集分析，它們的主要原理是什么，并簡單展示使用DAVID進(jìn)行差異表達(dá)基因GO富集分析的操作過程。視頻教程:附：...
GO、KEGG富集分析(一)有參情況
clusterProfiler是一個功能強大的R包，同時支持GO和KEGG的富集分析，而且可視化功能非常的優(yōu)秀，本章主要介紹利用這個R包來進(jìn)行GeneOntology的富集分析。進(jìn)行GO分析時，需要考慮的一個基礎(chǔ)因素就是基因的GO注釋信息從何處...
單細(xì)胞之富集分析-3:GO和KEGG富集分析及繪圖
單細(xì)胞富集分析我最常用的是分組GSVA，但最近用到了GO分析，就復(fù)習(xí)一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集(已注釋好，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備見monocle)pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個樣本，沒辦法區(qū)分HC和病例組。若有...
轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO、KEGG富集個性化作圖
三、上下調(diào)同時展示（ggplot2）很多時候研究者拿到差異基因后，上下調(diào)基因是分別富集的，在展示上需要同時體現(xiàn)二者，我們之前提到metascape可以做到：轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十二):Cell文章最喜歡用的差異基因GO、KEGG富集分析工具...

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非模式生物GO、KEGG富集分析

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