使用AffymetrixSNP6.0芯片，基于TCGAlevel2數(shù)據(jù)，最終生成txt文件，包含5列（片段名稱，染色體，基因組位置，結(jié)合到芯片上的探針數(shù)量，seqment_mean)包括以下幾個平臺：文件包括以下這些列：
TCGA數(shù)據(jù)庫下載miRNA信息的方法：第一步，登錄TCGA數(shù)據(jù)獲取網(wǎng)站；第二步，在搜索欄搜索自己關(guān)注的癌癥類型；第三步，選擇下載的數(shù)據(jù)類型：（我需要下載的是miRNA數(shù)據(jù)）；第四步，對數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步篩選；第五步，將所有文...
《R語言與Bioconductor-生物信息學(xué)應(yīng)用》，隨著大數(shù)據(jù)時代的到來，各種生物類公共數(shù)據(jù)庫井噴，其中就包括癌癥領(lǐng)域熟為人知的癌癥基因圖譜TheCancerGenomeAtlas(TCGA)數(shù)據(jù)庫。
表示的是兩個基因的相似性,轉(zhuǎn)換成距離度量就是,并使用該值來進(jìn)行聚類,并分割模塊我們以TCGA的乳腺癌數(shù)據(jù)作為示例,來完整的做一遍WGCNA分析先安裝模塊獲取50個樣本的FPKM數(shù)據(jù),WGCNA最少需要15個樣本,20個以上的...
新手還是多學(xué)習(xí)，站在巨人的肩膀上再去。TheCancerGenomeAtlas，TCGA，數(shù)據(jù)庫。TCGA數(shù)據(jù)源大部分都是公開的。目前來能夠從TCGA數(shù)據(jù)庫中提取數(shù)據(jù)的處理工具有proportional。...
一個良好的開端就是分析感興趣基因的突變和其它異常，ICGC數(shù)據(jù)門戶提供了幾條研究路線。輸入一個基因名稱，NCBI登錄號，或者Ensembl基因ID，點(diǎn)擊基因報告（GeneReport），就能在突變摘要（MutationSummary）中找到已發(fā)現(xiàn)的突變和...
DataTabledt=newDataTable();dt.Columns.Add(newDataColumn("PreRevDate0",typeof(decimal)));DataColumncol=newDataColumn();col.ColumnName="PreRevDate1";col.Expression="ABS(Convert.
需要的數(shù)據(jù)：TCGA上的臨床數(shù)據(jù)。當(dāng)你下下來時會發(fā)現(xiàn)有一大堆。這時需要你做的就是篩選你所需要的。你需要的有：目的基因的表達(dá)量、患者生存時間、患者生存/死亡狀態(tài)。這里的目的基因可以是你前期差異基因分析/通路分析/臨床...
讀tcga工作組發(fā)的文章，直接讀發(fā)在cell上的一篇泛癌癥的文章，正文➕附件，能復(fù)現(xiàn)文章中的結(jié)果，就行了。
這種東西是看不出來是否判斷與腫瘤有關(guān)的，腫瘤本身具有遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移特性，從各個組織中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否與腫瘤相關(guān)，就需要點(diǎn)進(jìn)去查看相關(guān)文獻(xiàn)，把各種蛋白摸透，才能夠搞定，如果僅僅憑借go數(shù)據(jù)庫的pathway來...
2024/4/29
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