GI編號(hào)是NCBI網(wǎng)站的所有序列相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的流水編號(hào),其最有用的特征就是唯一性.對(duì)于每一條遞交給NCBI的序列,都會(huì)付給一個(gè)編號(hào),而 且這個(gè)編號(hào)對(duì)應(yīng)的序列不可更改.這個(gè)編號(hào)對(duì)應(yīng)這個(gè)唯一的一條序列,類(lèi)似與我們用的身份證號(hào).因此,利用GI在NCBI中查詢(xún)時(shí)
怎樣在ncbi中查找基因序列的方法和三個(gè)號(hào)碼?來(lái)看看吧!
材料/工具
電腦
方法
首先打來(lái)瀏覽器,輸入“https://www.ncbi.nlm.nih.gov”。
1、打開(kāi)NCBI 百度搜索鍵入“NCBI”,點(diǎn)擊“搜索”,第一個(gè)就是官方主頁(yè),點(diǎn)擊打開(kāi)。 2、關(guān)鍵字查找 以H9亞型流感病毒HA基因下載為例,說(shuō)明詳細(xì)過(guò)程。 既然要下載基因序列,需要在欄目?jī)?nèi)找到“Nucleotide”(核苷酸),搜索欄內(nèi)填入“Avian influenza vi
在search中選擇“BioProject”,然后點(diǎn)擊“search”。
1、直接通過(guò)瀏覽器搜索ncbi,選擇對(duì)應(yīng)網(wǎng)站跳轉(zhuǎn)。 2、這個(gè)時(shí)候彈出新的窗口,需要根據(jù)實(shí)際情況搜索相關(guān)信息。 3、下一步如果沒(méi)問(wèn)題,就繼續(xù)在圖示位置點(diǎn)擊進(jìn)入。 4、這樣一來(lái)會(huì)看到其中的結(jié)果,即可在NCBI上查找某一基因在不同種屬中已公布的同源
新界面中選擇:“genome” 。
先搜到目的基因,然后display里面選genbank 里面會(huì)給基因編號(hào) 完全說(shuō)明的最下面還會(huì)有mRNA和蛋白編號(hào)
新窗口中選擇:“Prokaryotic Genome Annotation”。
以Ache2基因作為例子。12這個(gè)是關(guān)于A(yíng)che2基因的各種完整、不完整的dna、rna、cds序列。這個(gè)是數(shù)據(jù)庫(kù)里存有的三個(gè)物種的Ache2基因全序列。要下載全序列的話(huà),點(diǎn)Gene。點(diǎn)擊genebank(除了序列還有一些文字信息)或者fasta(直接下載序列)。省略后
出現(xiàn)“genomeproject”選項(xiàng),選擇下拉框內(nèi)需要查找的菌的域名:例如:“Euryarchaeota(廣古菌域)” 。
詳細(xì)參考ncbi handbook中entriz檢索系統(tǒng)。 支持布爾運(yùn)算符。 你需要:首先了解ncbi里有哪些大的數(shù)據(jù)庫(kù),什么是布爾運(yùn)算符。 基因名稱(chēng),物種拉丁文,目的片段長(zhǎng)度閾值等,根據(jù)它來(lái)檢索即可。
下拉滾動(dòng)條,選擇要下載基因組的菌株名,例如:MethanococcusvoltaeA3 。
打開(kāi)NCBI主頁(yè); 左邊search里面選擇GENE 右邊的對(duì)話(huà)框里輸入你想要的基因名稱(chēng); 在出來(lái)的所有條目第一行后面都有種屬表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是貓。選擇你想要的種屬; 再出現(xiàn)的頁(yè)面中找到那個(gè)像數(shù)軸的圖,在左側(cè)有可以點(diǎn)擊的藍(lán)色
在display選項(xiàng)中選擇:“ProtienFASTA”,如果想下載序列,選擇sendto中的文件格式,保存即可。
1 打開(kāi)NCBI主頁(yè) 2 左邊search里面選擇GENE 右邊的對(duì)話(huà)框里輸入你想要的基因名稱(chēng) 3 在出來(lái)的所有條目第一行后面都有種屬表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是貓。選擇你想要的種屬。 4 再出現(xiàn)的頁(yè)面中找到那個(gè)像數(shù)軸的圖,在左側(cè)有可以點(diǎn)擊的
擴(kuò)展閱讀,以下內(nèi)容您可能還感興趣。
怎樣在NCBI上搜索基因序列或者是蛋白質(zhì)序列?
在ncbi 的search搜索框上面有下拉框選項(xiàng),里面可以選基因序列(nucleotide)或者蛋白質(zhì)序列(protein)
怎樣用NCBI搜索基因組序列啊
wenku.baidu.com/view/ffe309d9ad51f01dc281f183.html
看看,很容易的
【求助/交流】如何從NCBI上查找已知序列號(hào)的基因全長(zhǎng)
這是NCBI的網(wǎng)站,然后在serch中輸入你的基因序列號(hào),即可以得到。下載到序列(就是復(fù)制和黏貼的過(guò)程),然后可以對(duì)這斷序列進(jìn)行編輯了。我一般用的DNAstar,我已經(jīng)抄上傳了附件。你解壓后安裝,然后從開(kāi)始菜單的程序里直接找到DNAstar,在里面點(diǎn)擊EditSeq,然后出zhidao現(xiàn)的頁(yè)面的左上角選擇file,子文件第一個(gè)是new里面有DNA和protein2個(gè)選擇,就可以進(jìn)去閱讀和編輯了~~~如果有需要,我可以再給你提供一個(gè)BLAST工具~~本回答被提問(wèn)者采納
已知基因序列,請(qǐng)問(wèn)怎么在ncbi上查找該基因的保守序列,急,希望大家?guī)蛶臀?/p>
1 打開(kāi)NCBI主頁(yè)
2 左邊search里面選擇GENE 右邊的對(duì)話(huà)框里輸入你想要的基因名稱(chēng)
3 在出來(lái)的所有條目知第一行后面都有種屬表明,比如Homo sapiens是人道Felis catus是貓。選擇你想要的種屬。
4 再出現(xiàn)的頁(yè)面中找到那個(gè)像數(shù)軸的圖,專(zhuān)在左側(cè)有可以點(diǎn)擊的藍(lán)色數(shù)字,往往開(kāi)頭有AK、NM的開(kāi)頭,點(diǎn)擊它,再出現(xiàn)的下拉框里選擇GENEBANK。
5 最下面就是他的基因?qū)傩蛄?當(dāng)然也可以參考頁(yè)面上提供的CDS區(qū)域范圍來(lái)看。
如何在NCBI上查找某一基因序列及其啟動(dòng)子
直接在NCBI主頁(yè)輸入你要找的基因的名字,比如S1PR1,然后搜索,找到下面的內(nèi)容:
Genes
90Gene: collected information about gene loci
1HomoloGene: homologous gene sets for selected organisms
12UniGene: clusters of expressed transcripts
點(diǎn)90進(jìn)去,里面是NCBI上這個(gè)基因在不同e799bee5baa6e79fa5e9819331333363383336物種中的所有序列,找到是鏈霉菌這個(gè)物種就ok,我如果找人的話(huà),就應(yīng)該是:
S1PR1 – sphingosine-1-phosphate receptor 1 [Homo sapiens (human)]
然后再點(diǎn)進(jìn)去
Genomic
NG_.1 RefSeqGene
Range
5001..9772
Download
GenBank, FASTA, Sequence Viewer (Graphics)
mRNA and Protein(s)
NM_.4 → NP_.2 sphingosine 1-phosphate receptor 1
See proteins identical to NP_.2
Status: REVIEWED
pfam00001
Location:68 – 311
Blast Score: 367
7tm_1; 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Source sequence(s)
BC, CR, DB, DB
Consensus CDS
CCDS777.1
UniProtKB/Swiss-Prot
P21453
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ENSP, OTTHUMP, ENST, OTTHUMT
Conserved Domains (1) summary
GenBank和FASTA可以查看它在基因組上的序列
NM_.4 和 NP_.2分別是其mRNA序列和蛋白質(zhì)序列
祝好!本回答被提問(wèn)者采納
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